В 1156 году некие рыцари из Саламанки следовали вдоль берега Дуэро, по старой границе христианского Леона и мусульманской Эстремадуры. Они искали место для строительства крепости и встретили отшельника по имени Амандо, бывшего крестоносца графа Генриха Бургундского. Этот отшельник построил скит и предложил рыцарям возвести крепость на этом месте. Рыцарями командовал дон Серо Фернандес Барьентос, весьма авторитетный командир на Границе. Вскоре под его началом собралось довольно много кабальеро, которые вошли в гарнизон новой крепости. По совету отшельника Амандо они приняли решение учредить военный орден по подобию госпитальеров и тамплиеров. Цистерцианский монах Ордоньо разработал устав ордена.
Целью ордена значилась защита христианской веры. Рыцари постились четыре дня в неделю, спали одетые, хранили молчание в церкви и в трапезной. Их одежда состояла из костюма из белой шерсти, шерстяной накидки с небольшим капюшоном и плаща черного цвета. В перерывах между сражениями рыцари проводили время в молитвах.
Основатель ордена, дон Серо, погиб в бою с арабами и новым руководителем стал его товарищ дон Гомес Фернандес, в звании приора.
Во времена португало-леонской войны португальский король Афонсу Энрикеш отправил принца дона Санчо в рейд по Леону. Приор ордена Переро внес большой вклад в отражение агрессии и король Фернандо II даровал рыцарям значительные привилегии.
Орден участвует в сражениях с мусульманами на юге. Рыцари захватывают города Сантибаньес и Милана, а также Алькантара, получив приказ короля защищать его, а Касерес попал под опеку рыцарей Сантьяго. Но в 1174 году альмохады выбили рыцарей и из Алькантары и из Касереса.
29 декабря 1177 года папа Александр III утвердил приора дон Гомеса епископом Саламанки.
4 апреля 1183 года папа Луций III соответствующей буллой присвоил приору ордена звание Магистра.
В 1213 году город Алькантара был освобожден от арабов и рыцари приняли решение обосноваться в этой крепости. К этому времени относятся сообщения о столкновениях рыцарей Алькантары с тамплиерами. Стычки чуть не переросли в войну. Потребовалось вмешательство короля Фернандо III.
Хроники красочно запечатлели храбрость рыцарей: "Когда магистр ордена находился в Эсихе с тридцатью рыцарями, к нему явился мавр, заявивший, что хочет перейти в христианство и предлагает захватить замок Пруна. Магистр долго не колебался и принял предложение. Новый христианин показал место, где рыцари смогли проникнуть в город. Они стремительно ворвались в крепость и перебили всех защитников, а после смогли удержать замок до подхода войск короля."
Орден не только боролся с маврами, но и активно вмешивался во внутреннюю политику.
Один из магистров, дон Гонсало Мартинес был осужденным на смерть по обвинению в предательстве и по приказу короля Альфонсо X обезглавлен. Таким увидел Педро Баррантес Мальдонадо орден Алькантара: "Большая часть людей Алькантары - рыцари, гидальго и оруженосцы, мало простых людей. Многие дворяне из древних и славных родов, чем они очень хвалятся. Рыцари весьма изысканы в общении и учтивы".
Католические Короли приложили немало усилий, чтобы включить владения ордена в состав короны. Но в 1530 году орден получил от папы Климента VI иммунитет от вмешательства светских владык в свои дела.
В 1540 году папа Павел III предоставил рыцарям Алькантары право иметь личное имущество. После окончания Реконкисты от ордена уже не требовались военные усилия. Орден учредил колледж в Университете Алькалы, который был переведен позже в Саламанку.